La possibilité de reconstruire l’autel commence à être prise en compte le 20 janvier 1937. Une fois que l'hypothèse de recomposer l'Ara in situ eut été écartée - une telle opération aurait demandé la démolition du palazzo Fiano-Almagià -, plusieurs options furent proposées: la reconstruction du Museo delle Terme, la réalisation d’un musée hypogée à côté de l’Augusteum, la reconstruction de l’Ara Pacis sur Via dell’Impero. C’est Mussolini qui décida de reconstruire l’Ara près du Mausolée d’Auguste, « sous des arcades » entre Via di Ripetta et le Lungotevere. Comme on le sait, l’Ara Pacis fut recomposée à l'intérieur d'un pavillon sur Via di Ripetta en moins d'un an et demi. Le projet définitif présenté au Governatorato en novembre 1937 ne fut pas entièrement respecté dans l’exécution, probablement en raison du grand retard accumulé dans la réalisation du travail. En effet, l’entrepreneur Vaselli, qui s’était adjugé les travaux de construction de l’écrin, ne put entrer sur le chantier que quelques mois avant la date du 23 septembre fixée pour l’inauguration de l’Ara Pacis; l’auteur du projet, Morpurgo, n'eut alors pas d’autre alternative que d’accepter la simplification du projet: le béton et le faux porphyre furent utilisés à la place du travertin et du marbre précieux et le rythme et la disposition des piliers aussi bien sur la façade que sur les côtés furent modifiés.
Ce compromis se basa sur un accord non écrit entre l’architecte et le Governatorato aux termes duquel l’aménagement devait être considéré comme provisoire et les travaux de l’écrin reprendraient après l’inauguration. Mais la quantité d'argent demandée, l'incertitude des temps et la guerre qui flottait déjà dans l'air allaient rendre ces programmes irréalisables.

Pendant la durée du conflit, les surfaces vitrées furent démontées et le monument protégé avec des sacs de pouzzolane, remplacés dans un deuxième temps par un mur pare-éclats. Il fallut attendre 1970 pour que l'écrin fût remis en état.