Les premières interventions de restauration de l’Ara Pacis et son installation dans le pavillon du Lungotevere datent du début des années Cinquante, quand la Mairie fit supprimer le mur pare-éclats, protéger la trabéation endommagée par les protections antiaériennes et construire entre les piliers, à la place des baies vitrées déposées pendant la guerre, un mur de 4,50 m de haut. La véritable remise en état du pavillon n’a lieu qu’en 1970 avec la mise en place de nouvelles vitres.

La première intervention systématique de restauration de l’Ara Pacis s’accomplit au cours des années Quatre-vingt, avec le démontage et le remplacement de certaines des agrafes en fer soutenant les parties saillantes du relief, sans oublier la réparation des fractures du mortier, la consolidation des restaurations précédentes, la reprise de la couleur des parties non originales et, naturellement, l'élimination des poussières et des résidus accumulés au cours des années. Lors de cette même campagne, la tête reconnue comme Honos et placée par erreur dans le panneau d’Énée, a été enlevée.

Même si les vitres remontées n'assuraient pas une isolation suffisante, on espérait que les interventions des années Quatre-vingts permettraient la bonne conservation du monument à long terme. Mais dès le milieu des années Quatre-vingt dix, les problèmes dérivés d'une amplitude thermique et hydrométrique trop grande et trop brusque sont manifestes: le mortier a recommencé à s’ouvrir dans un réticule de microfactures; l’humidité a atteint les agrafes en fer qu’il n’avait pas été possible de remplacer, provoquant leur expansion et la fracture du marbre de l'intérieur. De plus, les analyses sur la tenue des dalles majeures donnent des résultats inquiétants, tels que des signes de détachement du mur qui les soutient; enfin, une couche de poussières grasses et acides s’était déposée avec une rapidité stupéfiante sur toute la surface de l’autel, du fait de l’augmentation incontrôlée de la pollution produite par la circulation automobile et le chauffage.En 1995, vue l’impossibilité d’adapter la structure existante, les conditions précaires du monument portent la Mairie de Rome à étudier la possibilité de remplacer l’ancien écrin.